의제매입세액공제의 모든 것

음식업을 경영하면 농산물, 축산물, 수산물 등을 원재료나 부재료로 하여 음식을 가공하여 손님에게 제공하고 대가를 받는다. 이와 같이 음식사업자가 면세 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조·가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에 면세농산물 등을 공급받거나 수입할 때 부담한 부가가치세는 없지만, 그 구매가액의 일정률의 매입세액이 있는 것으로 보아 매입세액을 공제할 수 있다. 이러한 매입세액공제 제도를 의제매입세액 공제라고 한다. 이번 호에서는 의제매입세액에 대하여 알아본다.

○ 의제매입세액공제의 범위

사업자가 부가가치세 면제를 받아 공급받거나 수입한 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 하여 제조·가공한 재화나 용역의 공급에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에만 의제매입세액 공제가 가능하다. 따라서 제조·가공을 거치지 아니한 경우에는 의제매입세액공제가 안 된다. 면세되는 단순가공 식품인 김치, 두부 등과 소금 및 농·축·수·임산물의 1차 가공과정에서 발생하는 부산물에 대해서도 의제매입세액 공제가 가능하다.

○ 의제매입세액 계산과 공제율

의제매입세액에 대한 계산은 다음의 공제율을 곱하여 계산한다.

1) 의제매입세액의 계산

의제매입세액 = 면세로 공급받은 농·축·수·임산물의 매입가액 × 업종별 공제율

○ 104분의 4의 공제율을 적용하는 과세유흥장소 적용 범위

의제매입세액 계산 시 104분의 4의 공제율을 적용하는 과세유흥장소의 경영자는 개별소비세법 제1조 제4항에 따른 과세유흥장소를 영위하는 사업자를 말하는 것이다. 유흥주점, 외국인 전용 유흥음식점 등이 이에 해당한다. 개별소비세 부과 여부와 관계없이 개별소비세법상 과세대상이 되는 유흥장소를 뜻하는 것으로 개별소비세가 과세하지 아니하여도 104분의 4의 공제율이 적용될 수 있다는 점을 유의해야 한다.

○ 의제매입세액 한도

그러나 면세 매입액 전체에 대하여 공제하는 게 아니다. 해당 과세기간에 면세농산물 등과 관련하여 공급한 과세표준(매출액)에 아래 비율을 곱하여 금액에 공제비율을 곱한 금액을 한도로 한다. 해당 의제매입세액 공제 한도는 1년 단위가 아닌 분기별로 적용된다.

○ 의제매입세액 공제 시기

의제매입세액의 공제 시기는 일반적으로 면세농산물 등을 구매한 날이 속하는 예정신고기간 또는 과세기간에 공제를 받는다. 다만, 예외적으로 면세 원재료인 농산물 등을 직접 재배·사육 또는 양식하거나 타인이 재배·사육 또는 양식을 하거나 타인이 재배·사육 또는 양식 중에 있는 농산물 등을 구매한 경우에는 해당 농산물 등을 생산·채취 또는 벌목을 하여 과세재화의 제조·가공 또는 과세용역에 사용하거나 사용할 수 있을 때 공제를 받게 된다.

○ 의제매입세액공제 신고 시 제출서류

의제매입세액공제를 받기 위해서는 의제매입세액공제신고서와 매입처별계산서합계표 또는 신용카드매출전표 등 수취명세서를 제출해야 한다. 다만, 제조업자가 농·어민으로부터 면세 농산물 등을 직접 공급받는 경우에는 의제매입세액공제 신고서만을 제출하여도 의제매입세액공제가 가능하다.

○ 음식업자가 농민으로부터 직접 농산물 구입 시 의제매입세액공제 여부

음식점업을 영위하는 일반과세자가 양파, 고추, 무 등의 농산물을 농민에게서 직접 구매하여 계산서를 교부받을 수 없는 경우에는 앞서 언급했던 매입처별계산서합계표나 신용카드매출전표 등 수취명세서를 제출하지 아니한 경우에 해당함으로 의제매입세액 공제를 받을 수 없다. 음식점업의 경우에는 제조업과 달리 농민에게서 직접 구매하였다 하더라도 매입처별계산서합계표나 신용카드매출전표 등 수취명세서를 제출하지 아니하는 경우에는 의제매입세액을 공제받을 수 없다는 것이 문제점으로 대두된다.

○ 의제매입세액공제의 사후관리

의제매입세액을 공제받은 면세농산물 등을 그대로 양도 또는 인도하거나 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업, 그 밖의 목적을 위하여 사용하거나 소비할 때에는 그 공제한 금액을 전용한 날이 속하는 예정 또는 확정신고 시 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제해야 한다.

○ 신고기한이 지난 후 의제매입세액공제 가능 여부

의제매입세액공제는 신고기한 내에 신고하면서 공제받을 수 있을 뿐만 아니라 수정신고, 경정청구, 기한 후 신고, 경정기관의 확인을 거친 경우도 공제할 수 있다. 즉 부가가치세를 신고납부하고 난 이후라 하더라도 소급하여 의제매입세액을 공제받을 수 있다는 얘기다.